Musim ini merupakan musim kesembilan Thomas Muller bersama Bayern Munchen senior. Muller merupakan pemain asli binaan Munchen. Striker yang kini berusia 28 tahun tersebut selalu dipercaya pelatih untuk menggedor pertahanan lawan. Muller telah bermain sebanyak 30 laga di semua ajang yang dilakoni Bayern Munchen di musim ini. Muller pun berhasil mencetak 10 gol dan menyumbang 11 assist. Di musim ini, Muller pun dipercaya sebagai kapten kedua Munchen setelah penjaga gawang Manuel Neuer.

Hampir semua gelar juara telah diraih Thomas Muller bersama Bayern Munchen. Baik di Jerman maupun di Eropa. Enam gelar juara Liga Jerman telah diraih Muller bersama Der Bavarians yakni di musim 2009/2010, 2012/2013, 2013/2014, 2014/2015, 2015/2016 dan 2016/2017.

Thomas Muller pun berhasil membantu Bayern Munchen meraih gelar juara Liga Champions di musim 2012/2013. Saat itu pada babak final yang berlangsung di Stadion Wembley Inggris, Munchen berhasil mengalahkan klub raksasa Liga Jerman lainnya Borussia Dortmund dengan skor 2-1. Dua gol Munchen dicetak Mario Mandzukic di menit ke 60 dan Arjen Robben di menit ke 89. Sedangkan satu gol Borussia Dortmund dicetak Ilkay Gundogan di menit ke 68 melalui tendangan penalti.

Setelah lama berkostum Bayern Munchen, Thomas Muller memberikan sebuah komentar tentang masa depannya bersama klub raksasa Liga Jerman tersebut. "Sulit untuk melihat tiga atau empat tahun ke depan. Jika keadaan berjalan baik, mengapa aku harus pergi? Tapi Anda tidak pernah tahu apa yang akan terjadi dalam beberapa tahun ke depan. Apa kemampuanku? Bagaimana kondisinya? Apakah aku memiliki kepercayaan dari pelatih, atau tidak?" kata Muller kepada Sport1.